Misi SMK MA’ARIF NU 04 Pakis adalah sebagai berikut:
- Menyelenggarakan pembelajaran intrakurikuler dan kokurikuler bidang keislaman peserta didik.
- Menyelenggarakan pembelajaran internalisasi nilai-nilai keislaman melalui program pembiasaan praktek ibadah peserta didik.
- Menyelenggarakan pembelajaran internalisasi nilai-nilai kebangsaan melalui program pembiasaan.
- Menyelenggarakan pembelajaran internalisasi nilai-nilai kesadaran lingkungan melalui program gerakan sekolah bersih.
- Menyelenggarakan pembelajaran intrakurikuler dan kokurikuler bidang ilmu pengetahuan dan teknologi dengan pendekatan pembelajaran yang relevan dan efektif.
- Menyelenggarakan pembelajaran ekstrakurikuler sesuai minat dan bakat peserta didik.
